問屋という呼称が一般的になったのは，江戸時代に入ってからのことである。元和年間（1615〜1624年）には，既に油・木綿・木材・生魚・干鱈などの問屋が発生していた。大坂では元和2年に油問屋加島屋三郎右衛門の名が見られる。
大坂では，江戸時代の中期に問屋の専業化が進み，中でも米問屋・炭問屋・綿問屋・木綿問屋・油問屋などは，軒数・規模ともに発展を見た。だが初期においては，まだ未分化の総合問屋が主流で，元和から慶安にかけての黎明期には（1615〜1652年），専業問屋はまだ少数派であった。当時の問屋の主要形態は，松前問屋，薩摩問屋，土佐問屋といった，特定の地域から送られる多種類の物産を総合的に扱う「国問屋」と呼ばれる店だった。専門問屋の場合は，売り先が大坂・京の近在に限られていた。
しかし時代とともに大都市に安定した需要が生まれ，それぞれの商品の流通量が増加し，収拾過程と分散過程が長く多岐に渡るようになると，自然に商品毎の卸売業が発達することとなった。
延宝7年（1679年）刊の『難波雀』には，問屋の総数378軒，業種は58種類と記されている。そして元禄10年（1697年）刊の『国花万葉記・五畿内摂津難波丸』には，問屋総数826軒（江戸口酒屋2，218軒除く），業種62種類となっている。既に扱う商品とサービスが完全に専業化しており，かつ仲買も分化していた。今日の問屋と大きく異なるところは特にない。
この時期には，上に挙げた最重要産品に加えて，生魚・塩魚・八百屋物・薪・鰹ぶし・布・木わた・たばこ・塩・鉄・木蝋など，日用品のほとんどに関して専業問屋が誕生した。販売先も全国が対象であった。一方，京では高級衣料や美術工芸に関する問屋が，江戸では墨筆・櫛・きせる・小間物・土人形・畳表など，贅沢品の問屋が発達した。京も江戸も，生活必需品の供給を大坂に依存していた。このことが，菱垣廻船，樽廻船の発達を支えた。
問屋の商売のやり方も変貌を遂げていた。初期には，各地の荷主から送られる依託荷物の引受・保管・販売に当たる荷受問屋だけだったが，元禄時代には，自分の裁量で，売れそうな品物を生産地に発注し，買い付けに出向く仕入れ問屋が増えていた。仕入れ問屋は，生産者に前金を払ったり，産地に「買宿」と称する仕入れのための出張所を設けるなど，生産者の取り込みでも競争した。その結果，古い荷受問屋に留まった店は衰退を余儀なくされ，仕入れ問屋が，今日まで繋がる問屋の形として，市場の利こ成立したのである。